Emanuel verhuist begin December 1942 naar de Transvaalstraat 64 1-hoog. Waar een oom van hem woont. Zeer waarschijnlijk hangt dit samen met de arrestatie van zijn ouders eind November 1942, door de Amsterdamse politie.
Hij is één van de vele slachtoffers van de laatste grote razzia van 20 Juni 1943. Hij wordt in de vroege ochtend de volgende dag geregistreerd in Kamp Westerbork en wordt daar ondergebracht in barak 93. Hij maakt vervolgens deel uit van het transport van 13 Juli 1943 van in totaal een kleine 2.000 personen, naar Sobibor.