Jakob Mozes Benediktus Kolthoff was een zoon van Benediktus Abraham Kolthoff en Martha Lezer. In 1901 trouwde hij met zijn nicht Henderika Kolthoff. Zij kregen twee kinderen; de jongste, Izak stierf amper vijf jaar oud. Twee opmerkingen over zijn naam: Jakob wordt met een k geschreven en zijn derde voornaam is Benediktus. Op die manier wordt zijn naam vijf keer bij Genlias geschreven.
Verhaal