Nathan is een zoon van Israël Kanstein en Henderina de Hartogh. Hij trouwde 6 augustus 1890 met Bertha Cohen (Groningen, 15 oktober 1864), dochter van Jacob Cohen en Marianne Levie.
Bron SAA archiefkaart Bertha Cohen 15-10-1864 en wiewaswie.nl (huwelijk Bertha Cohen en Nathan Kanstein)