Nathan is een zoon van Abraham Meijer en Marianna den Hartog. Hij trouwde 27 juni 1900 met Frederika Kleerekoper (Amsterdam, 12 december 1872 - Amsterdam, 7 november 1919), dochter van Abraham Tzemach Kleerekoper en Sibora van Embden.
Kinderen (geboren in Amsterdam)
Abraham, 31 augustus 1901
Samuel, 12 oktober 1902
Leonard, 13 november 1903
Marianne, 21 maart 1906
Maurits, 28 mei 1908
Na het overlijden van Frederika hertrouwde Nathan 16 juni 1920 met Pauline Soesman (Valkenburg, 4 november 1876 - Amsterdam, 28 januari 1937), dochter van Jacob Soesman en Trinetta Wijngaard.
Bron SAA archiefkaart Nathan Meijer 8-2-1873 en wiewaswie.nl (huwelijk Nathan Meijer)