Ernst Heilbut was een zoon van Harrij Heilbut en Rebecca Judith Adler. Hij trouwde met Flora Kalker, dochter van Emanuel Kalker en Sophia Jeanette van Meekern. Van hun kinderen was Robert Emanuel getrouwd. Zijn echtgenote heeft de oorlog overleefd.
Toevoeging van een bezoeker van de website
Van dit gezin is ook een JOKOS-dossier (nummer 14671) aanwezig op het Gemeentearchief van Amsterdam. Voor inzage is toestemming nodig van de stichting Joods Maatschappelijk Werk. Uit het JOKOS-dossier is bekend dat er een claim is ingediend voor vergoeding van waardevolle voorwerpen ingeleverd bij de roofbank Lippmann-Rosenthal (L-claim, nummer 4952/3989).